בזבזתי עכשיו שעתיים בחיפוש אחרי הסיבה שהאינדקסים שלי לא מוגדרים ע"י ספינקס, עד שהבנתי שצריך היה להגדיר את התווים שספינקס מקבל כשהוא מאנדקס. אז לעברית זה מוגדר כך בקובץ sphinx.yml:
development:
charset_table: "0..9, A..Z->a..z, _, a..z, \
U+410..U+42F->U+430..U+44F, U+430..U+44F, \
U+FB1D->U+05D9, U+FB1F->U+05F2, U+FB20->U+05E2, U+FB21->U+05D0, U+FB22->U+05D3, U+FB23->U+05D4, \
U+FB24->U+05DB, U+FB25->U+05DC, U+FB26->U+05DD, U+FB27->U+05E8, U+FB28->U+05EA, U+FB2A->U+05E9, \
U+FB2B->U+05E9, U+FB2C->U+05E9, U+FB2D->U+05E9, U+FB2E->U+05D0, U+FB2F->U+05D0, U+FB30->U+05D0, \
U+FB31->U+05D1, U+FB32->U+05D2, U+FB33->U+05D3, U+FB34->U+05D4, U+FB35->U+05D5, U+FB36->U+05D6, \
U+FB38->U+05D8, U+FB39->U+05D9, U+FB3A->U+05DA, U+FB3B->U+05DB, U+FB3C->U+05DC, U+FB3E->U+05DE, \
U+FB40->U+05E0, U+FB41->U+05E1, U+FB43->U+05E3, U+FB44->U+05E4, U+FB46->U+05E6, U+FB47->U+05E7, \
U+FB48->U+05E8, U+FB49->U+05E9, U+FB4A->U+05EA, U+FB4B->U+05D5, U+FB4C->U+05D1, U+FB4D->U+05DB, \
U+FB4E->U+05E4, U+FB4F->U+05D0, U+05D0..U+05F2"